二月二十八日美國和以色列對伊朗發動軍事打擊後，土耳其馬上表態拒絕開放領空和領土給美軍使用。土耳其總統府通訊局直接發聲明說，那些說土耳其幫忙打擊伊朗的說法全是假消息，土耳其沒有允許任何飛機或者基地參與針對伊朗的行動。這一步讓北約內部出現明顯分歧，因爲土耳其是北約第二大軍事力量，卻沒有跟着美國的節奏走。
打擊開始沒幾天，伊朗那邊發射的彈道導彈就出了問題。三月四日一枚從伊朗方向發射的導彈進入土耳其領空範圍，北約部署在地中海東部的防空系統直接攔截了它，殘骸落在土耳其東南部省份，沒有造成人員傷亡。土耳其國防部當天就把情況通報出來，說這是伊朗導彈越界，必須嚴肅對待。埃爾多安在後續的講話裏明確指出，這種做法損害鄰國關係，土耳其已經向伊朗發出警告，要求對方調查原因並且保證不再發生類似情況。
三月九日又出現第二次攔截，導彈同樣從伊朗發射，進入土耳其領空後被北約系統擊落，碎片掉在加濟安泰普省附近。土耳其外交部立刻聯繫伊朗外長，告訴對方領空侵犯行爲不可接受。埃爾多安和伊朗總統通了電話，強調任何理由都不能爲導彈進入土耳其領空開脫，土耳其會採取必要措施保護自己。外交部長哈坎·費丹也在電話裏重申，土耳其希望各方剋制，不要讓衝突擴大到更多地方。
三月十三日第三次攔截髮生，北約再次出手把導彈擋在土耳其領空之外。土耳其方面連續發佈公告，把每次攔截的細節都記錄下來，同時繼續通過外交渠道要求伊朗停止這種發射行爲。到了三月三十日，第四次類似事件出現，導彈再次被攔截，土耳其國防部強調北約系統在履行防禦職責。
整個過程中，土耳其沒有加入任何一方的軍事行動，而是把重點放在阻止衝突蔓延上。埃爾多安在三月二日就公開批評美國和以色列的打擊行動，說這些行爲明顯侵犯伊朗主權，如果不馬上採取措施，整個地區會面臨大風暴。他呼籲伊斯蘭國家團結起來推動停火，還說土耳其正在加強外交斡旋，確保各方回到談判桌前。
情報機構負責人易卜拉欣·卡林在三月二十八日的伊斯坦布爾峯會上發言，指出這場戰爭如果繼續下去，可能引發更大範圍的地區動盪，甚至牽扯到多個民族羣體之間的長期矛盾。卡林說土耳其一直努力防止衝突擴大，不會成爲製造分裂的那一方，而是要通過實際行動把局勢往緩和的方向拉。
土耳其爲什麼這麼做，核心在於維護自身邊境安全和地區穩定。伊朗如果出現更大混亂，可能會帶來人員流動壓力，同時庫爾德武裝團體在伊拉克和伊朗邊境的活動也讓土耳其擔心外部支持會讓這些團體力量增加。土耳其在敘利亞北部有過針對類似武裝的行動，現在面對伊朗方向的潛在風險，自然要提前表明底線。
土耳其多次重申自己是北約成員，但不會爲進攻行動提供便利。外交部明確否認美國曾經要求使用土耳其基地的說法，說那些傳聞完全不嚴肅，也沒有進行過相關討論。費丹在國際場合也表達過類似立場，強調土耳其反對任何擴大戰爭的做法，同時向伊朗傳遞信息，希望對方不要把戰火燒到更多國家。
在巴基斯坦、土耳其、埃及和沙特阿拉伯四國外長會議上，土耳其也參與了關於中東局勢的討論，推動各方通過對話解決分歧。土耳其還表示，如果衝突繼續，可能會影響整個地區的能源和人道主義狀況，所以必須優先考慮外交途徑。
