這事兒從三月十六日馬英九文教基金會發出一份聲明開始鬧起來的。聲明裏直接說蕭旭岑和王光慈已經在二月底辦完離職交接手續，基金會聘請戴遐齡接任執行長，還特別強調兩人以後不管說什麼做什麼，都不代表基金會也不代表馬英九本人。蕭旭岑當時對外回應的時候提到，自己因爲接了國民黨副主席的黨務工作，事情太多，所以早就計劃要辭掉基金會這邊兼職，全力去幫鄭麗文處理黨的事，他還順便感謝了馬英九這些年的栽培。
沒過幾天，三月二十三日基金會又發了一份聲明，這次直接把事情推到財務紀律上，說之前有前員工出現嚴重違反財政紀律的情況，已經找律師準備移送司法機關調查，要查清楚不冤枉也不放過。同一天下午，馬英九接受專訪的時候出來表態，說基金會一定要嚴格管財務紀律，就算牽扯到身邊親近的人也不能鬆手，有證據就交給司法去辦，他自己出身法律背景，碰到這種事一向公私分明，不會偏幫誰。
就在同一天，國民黨主席鄭麗文直接在接受訪問時開口了。她點明這件事的始作俑者是國民黨內部本來在馬英九身邊的人，那個人過去就用類似手法給國民黨造成過難以挽回的傷害，是慣用的套路。她說自己很心疼蕭旭岑顧全大局才離開基金會，國民黨會全力挺蕭旭岑，不會讓有心人得逞，還直接放話要扯破臉鬥到底。鄭麗文同時表示，國民黨對九二共識和兩岸交流的計劃五月安排沒有改變，不會因爲黨內這些事就動搖。
鄭麗文表態後，基金會那邊馬上有動作，三月二十三日聲明裏已經把司法調查的程序啓動了。馬英九在專訪裏也重複強調紀律問題必須處理，顯示他對基金會運作的把關態度很堅決。整個過程裏，藍營內部因爲這份人事調整和後續財務指控，公開的爭執一下子就擺到檯面上來了。
三月二十四日，蕭旭岑本人出來回應了。他否認自己在基金會期間有任何違規操作，說所有處理過程都經過馬英九同意，自己從來沒經手過現金，還質疑戴遐齡擔任執行長的程序是不是符合規定。他強調自己這些年主要做兩岸青年交流工作，完全不涉利益，會正面面對任何指控，維護自己的清白。蕭旭岑還提到，基金會原本的安排都有董事會的通過，現在外界傳的那些說法讓他覺得有必要把話說清楚。
這場風波從三月十六日的人事聲明，到三月二十三日基金會追加財務調查的動作，再到馬英九專訪和鄭麗文同時期的強硬表態，一步步把國民黨內部的矛盾攤開了。馬英九這邊堅持要查紀律，鄭麗文那邊直接把矛頭指向黨內特定圈子的人，雙方立場在公開場合就這麼對上了。蕭旭岑作爲當事人，在三月二十四日的回應裏把自己的清白和對程序的疑問都擺出來，讓事情沒有馬上平息下去。
國臺辦發言人朱鳳蓮在三月二十五日例行場合回應相關議題時表示，大陸方面只看是否堅持九二共識，對臺灣黨派內部的人事安排不關注。她的說法把重點放在兩岸關係的基本原則上，沒有捲入島內藍營的具體爭執。
到目前爲止，蕭旭岑繼續擔任國民黨副主席的職務，基金會日常運作由戴遐齡負責。馬英九作爲董事長，通過聲明和專訪表達了對紀律把關的要求，鄭麗文作爲主席也明確了支持蕭旭岑和維護黨整體路線的態度。整個事件圍繞基金會的人事交接和財務紀律展開，國民黨內部因爲這些公開表態，矛盾被擺到了明面上，但九二共識和兩岸交流的相關安排還是按原計劃在推進，沒有因爲這件事停下來。
