印度尼西亞的華人社區歷史很長，早從荷蘭殖民時期就開始了。那時候荷蘭人把社會分成幾層，歐洲人在最上面，華人被安排在中間位置，主要負責收稅和中間貿易，當地原住民在最下面。這種安排讓華人慢慢掌握了不少商業機會，但也埋下了被排斥的種子，因爲當地人覺得華人拿到了不該有的好處，關係搞得緊張。殖民統治結束後，情況沒有馬上好轉，反而在不同政權下反覆出現針對華人的限制措施。
1945年印度尼西亞獨立後，最初一段時間裏華人還能組織一些社團，參與社會活動。蘇加諾執政時期，華人成立了像印尼公民協商機構這樣的組織，爭取平等權利，還能辦學校和媒體，用中文交流。那段日子相對寬鬆一點，華人社區試着融入國家建設。不過好景不長，1965年發生的事件徹底改變了局面。那一年9月30日發生未遂政變，軍方隨後展開大規模行動，很多人被指控跟共產黨有聯繫，其中不少華人也被捲入。行動過程中，數以萬計的華人遇害或被迫離開家園，社區遭受重創。這次事件後，政權更迭，蘇哈托上臺建立新秩序，針對華人的政策變得系統化和嚴格。
從1966年開始，新秩序政府推行同化政策，目的是讓華人完全融入印尼社會，但實際操作上更像強制抹掉華人特徵。1967年政府發文要求華人改用印尼語發音的名字，不許用中文姓名登記。學校、媒體和社團凡是跟華人文化相關的，都被關閉或禁止公開活動。公開場合不能慶祝華人傳統節日，也不能用中文字符。政府還把“華人”一詞換成帶有貶義的叫法，進一步強化區別對待。華人被限制進入公務員系統、軍隊和公立大學，主要被引導去從事商業貿易。這種政策讓大部分華人只能集中在私營經濟領域，久而久之就形成了刻板印象，覺得他們只顧賺錢，不關心國家其他事務。
新秩序時期的經濟政策也加劇了矛盾。政府鼓勵少數華人企業家跟官員合作，發展大企業，但普通華人還是被當作外來者看待。每次國家遇到經濟困難，華人就容易成爲發泄對象。1997年亞洲金融危機爆發，印尼盾大幅貶值，物價飛漲，失業率上升，民衆不滿情緒高漲。危機從年底開始蔓延，到1998年初，各地抗議活動越來越多。4月在棉蘭先出現騷亂，針對華人店鋪的搶掠和破壞已經發生。5月12日，雅加達學生示威中軍方開槍打死幾名學生，局勢一下子失控。5月13日到15日，首都雅加達以及梭羅等城市爆發大規模暴力，暴徒衝進華人聚居區和商業街，砸店搶貨，放火燒樓。許多華人家庭的房屋和生意被毀，暴力中還有大量女性受害。整個過程持續幾天，造成大量人員死亡和財產損失。5月21日蘇哈托宣佈辭職，新秩序政權結束。
1998年5月的騷亂是長期積累矛盾的爆發點。經濟危機讓民衆把怒氣轉向被認爲控制零售和貿易的華人羣體，而之前的同化政策又讓華人缺乏政治保護，容易被當作替罪羊。騷亂髮生時，很多華人選擇留在當地，因爲他們的家庭、生意和生活已經在這裏紮根幾代人。事件過後，國家進入改革時代，政策開始調整。1999年後，歧視性法規逐步廢除，華人可以恢復使用中文名字，公開慶祝農曆新年，辦中文媒體和學校也得到允許。儒教被列爲官方認可的宗教之一，華人文化表達不再被全面禁止。這些變化讓社區氛圍有所緩和，華人開始更多參與公共事務。
儘管政策鬆綁了，但歷史遺留的問題還在。華人社區長期被視爲經濟上強勢、政治上弱勢的羣體，這種看法在社會上根深蒂固。每次社會有不滿，類似的老調子就會冒出來。1998年以後，華人企業家繼續在私營領域發揮作用，推動經濟發展，但普通華人還是會遇到日常偏見，比如辦事時被要求出示額外證明，或者在某些場合感受到區別對待。社區內部也分化，有的人更早融入當地文化，講印尼語爲主，生活習慣接近原住民；有的人保留較多華人傳統，但整體上都在適應新環境。
當地華人堅持留下來，主要跟他們的歷史根基有關。很多家庭從明清時期就來了印尼，經過幾百年繁衍，已經把這裏當成家鄉。荷蘭殖民時代他們就建立起貿易網絡，獨立後又在商業中積累經驗，形成家族企業和人脈關係。離開意味着放棄這些多年積累的東西，重新開始難度很大。1998年騷亂時，雖然有一些人暫時出國避險，但大部分人還是選擇回來，因爲生意和親人都在這裏。改革時代後，經濟機會增多，華人社區繼續在零售、製造業和金融領域活躍，貢獻了國家很大一部分私營經濟力量。這種貢獻讓他們覺得有位置可守，同時也讓他們更願意投入本地發展。
另一個原因是融入過程在慢慢發生。1998年後，越來越多的華人蔘與選舉和公民活動，不再完全被排除在外。一些華人青年開始進入專業領域，打破過去只能做生意的限制。社區也主動跟當地社會互動，通過慈善和商業合作減少隔閡。政府在多黨民主體制下，也需要顧及少數族羣的聲音，避免過去那種極端政策重演。這些因素加在一起，讓華人覺得留下來有空間可以繼續生活和工作。
