這件事情發生在3月24日上午，日本一名現役陸上自衛隊軍官從相鄰建築翻越圍牆進入中國駐日本大使館院內。使館工作人員把他控制住，整個過程沒有人受傷。東京警視廳隨後趕到現場，以涉嫌非法侵入建築物爲由把他逮捕。警方在院內綠化帶附近發現了他帶進去的一把刀具。警方確認這名軍官隸屬於陸上自衛隊某駐屯地，當時處於休假狀態，前一天沒有按規定返回單位。
事件發生後，中國駐日大使館立刻向日本外務省遞交正式交涉文件，要求日方全面調查事件經過，嚴懲責任人員，並且給出負責任的交代。這是中方發出的第一道正式表態。
同一時間段，中國外交部發言人林劍在例行記者會上公開回應，說中方已經在北京和東京兩地向日方提出嚴正交涉，表達強烈不滿，並且再次敦促日方立即徹查事件，嚴懲不法分子，給中方一個負責任的交代。這是中方發出的第二道正式表態。兩道交涉都是圍繞事件性質和後續處理提出的，強調事件嚴重威脅外交人員安全，違反相關國際公約。
日本方面對這兩道交涉的回應只是用遺憾這樣的表述。日本內閣官房長官在3月25日的記者會上說，本應遵守法律的自衛隊人員涉嫌非法闖入被捕，實在令人感到遺憾。日本警方也表示對此事深表遺憾，並且馬上對中國駐日使館周邊加強了警戒措施，實施了24小時警備。日本防衛省在事件後披露了涉事軍官的勤務情況，說沒有接到他工作態度和言行有特別問題的報告。
防衛大臣小泉進次郎在3月27日的記者會上再次表示，本應遵守法律和紀律的自衛隊官員被逮捕令人深感遺憾，一旦查明事實情況，將予以嚴肅處理。日本官方這些表態裏都沒有正式道歉的內容，只是停留在遺憾層面。
中方兩道交涉發出後不到24小時，日本東京國會門前就聚集了超過2萬名民衆。他們從各個方向趕來，站立在建築前方，表達對政府當前政策路線的反對意見。集會參與者包括不同年齡段的人，大家冒着天氣影響持續聚集，手持標語牌，現場秩序由組織者維持。
民衆圍繞修憲擴軍相關議題展開討論，明確指出自衛隊人員強闖使館的行爲是近年來極端右翼排外主義思想氾濫的後果，不僅是對外部的挑釁，更是對日本自身和平的威脅。他們要求防衛大臣立即辭職下臺，還強調和平憲法第九條是戰後日本和平的基石，一旦廢除就會把日本拖入戰爭軌道。集會現場聲音此起彼伏，民衆通過站立和集體呼喊傳遞訴求，整個活動持續了幾個小時。
事件進入後續階段後，日本警視廳在3月26日上午把涉事軍官村田晃大移送檢方進一步審查。移送過程按照司法程序進行，他從警視廳離開時由警員陪同進入檢方辦公區域。案件從逮捕直接進入檢察階段，警方和檢方合作收集證據，包括現場找到的刀具和相關證人陳述。調查工作還在繼續，沒有超出已發生事實的額外內容。整個處理嚴格限於司法軌道，村田晃大留在法律程序內。
中日雙方圍繞這起事件的互動從外交層面直接延伸到日本國內公衆層面。使館交涉和發言人表態構成連續行動，日方維持遺憾回應，沒有給出中方要求的正式道歉和實質交代。緊接着的民衆集會規模大，矛頭指向政府政策，反映出社會對相關路線的關注。集會後東京街頭恢復常態，但事件帶來的討論持續存在於公開渠道。村田晃大案件的司法審查還在推進，政府部門則面對國內民衆集體表達的局面。
